La SEA se organiza en diversas comisiones o grupos de trabajo temáticos.

Actualmente son:

•    Comisión Científica
Coordinador: Javier Gorgas (UCM) jgorgas@fis.ucm.es

•    Comisión Pro-Am (profesionales-aficionados)
Coordinador: Jaime Zamorano jzamorano@fis.ucm.es

•    Comisión de Terminología Astronómica
Coordinador: David Galadí Enríquez dgaladi@caha.es

•    Comisión Mujer y Astronomía
Coordinadora: Isabel Márquez isabel@iaa.es

•    Comisión de Enseñanza
Coordinador: Javier Gorgas gorgas@fis.ucm.es

•    Comisión de Comunicación
Coordinador: Francisco Garzón fgl@iac.es